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KUMBLレター

2021.11.15

企業様向け公開演習「脱Dry!脱写経!ゲノムインフォマティクス演習」

脱Dry!脱写経!ゲノムインフォマティクス演習
主催:京都大学医学研究科「医学領域」産学連携推進機構/一般社団法人芝蘭会

企業にご所属のコマンドライン操作未経験のバイオ研究者の方を対象に、ゲノムインフォマティクスの公開演習を開催いたします。NGSデータに不慣れなバイオ研究者でも、世界中の公共データソースを用い生物学的意義にこだわった解析ができるよう、ウェットの研究者でもある講師が基礎から指導いたします。

【概要】
日時:2022年1月24日(月)~1月26日(水)
場所:京都大学医薬系総合研究棟(オンサイト実施)
対象:コマンドライン操作が未経験で、企業にご所属の方 定員20名(1社2名まで)
※定員に満たない場合、学内参加者を募集いたします。
参加費:5万円(税込、1名あたり)
※学内参加者におかれましては参加費は別途ご案内差し上げます。
必要なもの:なし(パソコンはこちらで準備いたします)

締切:2021年12月20日(月)
受講登録はこちら>> https://forms.gle/pQ15c7o2jHKafmbN6
案内動画はこちら>> https://vimeo.com/645086457
※フォームに入力頂けましたら事務局より受講手続きについてご連絡差し上げます。
※新型コロナの感染状況次第で開催延期となるおそれがあること、予めご了承ください。

【演習プログラム】
1月24日(月)15:00-17:00
第1部 ChIP-Atlasに触れてみよう
・世界中のChIP-seqデータを自由に利活用できる
・遺伝子の上流因子やヒストン修飾状態が分かる
・エンハンサーに結合する転写因子が分かる

1月25日(火)9:30-17:00
第2部 ChIP-seqデータを使ってみよう
・コマンドライン操作を身につける
・公共データへのアクセスと利活用法を身につける
・ChIP-seqやATAC-seqデータの解析法を習得する
・解析データをゲノムブラウザで可視化する
・疾患SNPとの関連を考察する

1月26日(水)9:30-17:00
第3部 RNA-seqデータを使ってみよう
・公共データへのアクセスと利活用法を身につける
・RNA-seqデータの解析法を習得する
・解析データをグラフやヒートマップで可視化する
・差次的発現遺伝子の機能アノテーション
・発現変動する遺伝子の上流因子を予測する

【講師紹介】
沖 真弥 京都大学大学院医学研究科創薬医学講座 特定准教授
世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlasを開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。
また最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、photo-isolation chemistry (PIC) を開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。

【本演習に関するお問い合わせ】
application@contracts.med.kyoto-u.ac.jp